そこに、14万8000万光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星からメッセージが届けられる。そのメッセージには、イスカンダルが地球を救うコスモクリーナーDを提供するという申し出に加え、その長い旅路を可能とする「波動エンジン」の設計図も記されていたのだ。
遙か昔、太平洋戦争で沈没した戦艦大和が、この波動エンジン、そして沖田十三艦長以下の乗組員とともに、宇宙に旅立つ。目指すはイスカンダル星。地球に残された時間はあと1年。ヤマトは地球を救えるのか? 地球を攻撃するガミラスの正体と、その目的は? 多くの謎を含んだ旅が、始まる。


















